آیتالله سید مرتضی محمودی گلپایگانی در سال ۱۳۰۵ هجری شمسی در شهر گلپایگان و در خانوادهای متدین و کشاورز به دنیا آمد.
ایشان از دوران کودکی به علوم دینی علاقهمند شد و تحصیلات ابتدایی خود را در مکتبخانه و با فراگیری قرآن کریم آغاز کرد. علاقه و پشتکار او سبب شد در سنین نوجوانی وارد حوزه علمیه شود و مسیر طلبگی را با جدیت دنبال کند.
این عالم ربانی پس از تحصیل در حوزه علمیه اراک برای تکمیل دروس حوزایشان به قم مهاجرت کرد و از محضر اساتید برجستهای چون امام خمینی(ره)، آیات عظام بروجردی، گلپایگانی، اراکی، مرعشی نجفی و نجفی مرعشی بهره برد. ایشان همچنین با شخصیتهایی چون آیات عظام فاضل لنکرانی، مکارم شیرازی، نوری همدانی و سبحانی همدوره بود.
آیتالله محمودی گلپایگانی در دوران مبارزات پیش از انقلاب، به دلیل سخنرانیهای روشنگرانه و افشاگرانه علیه رژیم پهلوی، بارها مورد تهدید ساواک قرار گرفت و در سال ۱۳۴۹ ممنوعالمنبر شد. با وجود این محدودیتها از فعالیتهای انقلابی دست نکشید و حتی پس از تشدید فشارها، بنا به دستور آیتالله العظمی گلپایگانی مدتی به فریدونکنار اعزام شد و مبارزات خود را در آن منطقه ادامه داد.
در سال ۱۳۵۴ به دعوت مردم مؤمن ورامین و با نظر آیتالله العظمی گلپایگانی به این شهرستان آمد و به سرعت به محور فعالیتهای مذهبی و انقلابی منطقه تبدیل شد و نقش برجستهای در ساماندهی نیروهای مذهبی، آگاهیبخشی به مردم و هدایت حرکتهای انقلابی ورامین، بهویژه در وقایع منتهی به پیروزی انقلاب اسلامی ایفا کرد.
پس از پیروزی انقلاب اسلامی در آبانماه سال ۱۳۵۸ با حکم تاریخی امام خمینی(ره) به عنوان امام جمعه ورامین منصوب شد و نزدیک به نیم قرن این مسئولیت را بر عهده داشت. پایگاه نماز جمعه ورامین در دوران امامت ایشان به کانون وحدت، بصیرتافزایی و حل مسائل اجتماعی مردم تبدیل شد.
آیتالله محمودی در دوران دفاع مقدس نیز نقش فعالی در پشتیبانی از جبههها داشت و یکی از فرزندان خود، شهید سید مصطفی محمودی را در راه انقلاب اسلامی تقدیم کرد. تأسیس درمانگاه خیریه، مراکز حمایتی از ایتام، حوزههای علمیه برادران و خواهران، مجتمعهای فرهنگی و قرآنی، صندوقهای قرضالحسنه و هیئتهای حل اختلاف از جمله خدمات ماندگار این عالم مجاهد در ورامین است.
این روحانی برجسته همواره مورد اعتماد مراجع عظام تقلید بود و از سایشان حضرات آیات امام خمینی(ره)، مقام معظم رهبری و جمعی از مراجع تقلید دارای اجازه در امور حسبیه و نمایندگی شرعی بود.
درگذشت آیتالله سید مرتضی محمودی گلپایگانی، ضایعهای بزرگ برای مردم ورامین و جامعه روحانیت به شمار میرود و نام و یاد او به عنوان پدر معنایشان دیار ۱۵ خرداد در تاریخ این منطقه ماندگار خواهد بود.